为了响应党中央、国务院关于大力发展职业技术教育的号召,适应高等教育的改革与发展形势的需要,充分挖掘学校的办学潜力,为国家培养急需的建设人才,从2000年秋季该校开始招收高等职业教育学生。根据高职教育的要求和特色,在合肥、安庆两个地区设立了三个校区,即与安庆石化集团合办的安庆校区;与原安徽省地矿局合办的合肥东区;与江淮汽车集团合办的JAC校区。2001年3月份,为加强并规范对高等职业教育的管理,经学校研究决定成立合肥工业大学高等职业技术学院,现有三个校区,共设11个专业,目前有在校学生1203人。
学院成立后,在发展过程中,逐步明确了"以党和国家的教育方针、教育部及安徽省教育厅关于发展高职教育的政策法规为指导,充分把握国家大力发展高等职业教育和该校快速发展的有利时机,利用校内外一切可以利用的教育资源,适度扩大高职教育的规模;以高职人才培养基本目标为核心,不断探索、开拓培养目标的内涵,结合该校的实际,逐步形成该校高职教育的人才培养模式;结合各个校区的实际情况,统一要求,统筹协调,分区管理,分类指导,大力加强教育教学管理,以提高质量为根本,办出特色促发展,逐步提高高职教育的办学水平和效益。"的指导思想,确立了该校高职教育"理论深厚,技能超强、素质较高"的人才质量特色,构想了高职教育质量控制体系,提出了双目标制(理论+技能型,技能+理论型)的培养目标定位。

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